Desde que se reconoció la importancia de las marismas del Guadalquivir en el contexto de la conservación de la Naturaleza europea, la mejora y optimización de los recursos hídricos que alimentan Doñana ha sido un constante reto y no ha sido menos en el Plan de Desarrollo Sostenible.

Uno de los principales objetivos ha sido mejorar la calidad de las aguas de la Comarca. Para ello se han ejecutado mejoras en le abastecimiento de aguas urbanas, así como un plan de saneamiento integral de las cuencas vertientes a Doñana. Cabe destacar en esta línea de actuaciones la construcción de las depuradoras de Villamanrique y de Aznalcázar, y la adjudicación del EDAR de Isla Mayor. Igualmente se contemplan medidas que impidan la contaminación del agua subterránea, así como la protección del acuífero frente a riesgos de sobre explotación.

Por otro lado, se ha trabajado en la utilización de nuevos recursos hídricos y muy especialmente en equilibrar la demanda y el suministro del agua por medio de un uso y gestión racional.

El cerramiento del denominado anillo hídrico, que había de proveer de recursos a la zona de cultivos de fresa, es sin duda, la gran asignatura pendiente. Este capítulo negativo se ha de corregir siendo uno de lo ejes fundamentales de actuación en el próximo Marco Comunitario 2000 - 2006.

El accidente de Aznalcóllar en Abril de 1998 modificó completamente las medidas en materia hidrológica. Tanto la Administración Autonómica como Central han diseñado planes de actuación.

El Corredor Verde del Guadiamar ha de garantizar un espacio adicional de 4.800 hectáreas de terreno colindante con el cauce del Guadiamar, y por consiguiente la optimización de sus caudales y la calidad de estos. El programa conocido como Doñana 2005, promovido desde el Ministerio de Medio Ambiente, contempla la restauración de los cauces del Arroyo del Sotogrande y Sotochico, La Rocina, el Arroyo de El Partido, el Caño Travieso y la conexión mareal con el río Guadalquivir.