La agricultura es uno de los principales sectores económicos de la Comarca de Doñana - el 60% del empleo total de la Comarca es agrícola -. El Plan proponía un reestructuración y consolidación de la producción agrícola desarrollando la investigación y la formación profesional para un uso más eficiente del agua y una reducción de los consumos de productos químicos o de su impacto contaminante. Para ello se han desarrollado diferentes cursos, seminarios y jornadas, incluidos en el Plan de Formación Agroambiental, destinados a técnicos, agricultores y ganaderos de los catorce municipios de la Comarca.

El principal objetivo del citado Plan ha sido contribuir a que le sector productivo agrario de la Comarca tienda hacia técnicas más respetuosas con el medio ambiente. También se ha potenciado el apoyo financiero, técnico, productivo y comercial a aquellas explotaciones orientadas hacia la práctica de una agricultura menos agresiva (integrada o ecológica), vinculada con el nombre de Doñana.

Entre los objetivos marcados se encuentra el mantenimiento de formas de producción compatibles con la conservación de los recursos naturales y el fomento de la retirada de producción de tierras así como el incremento del la forestación de los terrenos agrícolas. Por otra parte, se han ejecutado medidas como la reordenación de los usos del suelo y la mejora de la infraestructura agraria del Entorno de Doñana.

Es importante destacar el esfuerzo realizado por las cooperativas vitivinícolas y de aceite de Almonte para hacer viable una fusión que les va a permitir ser más competitivas, mejorar sus infraestructuras y reducir costes.

En la misma línea se ha firmado un convenio de colaboración con entidades asociativas de ganaderos a favor del mantenimiento de las razas autóctonas y la ganadería ecológica y con el Consejo de Denominación de Origen "Condado de Huelva" con la intención de incentivar el sector productor de los vinos de Doñana.