Los objetivos que persigue la Fundación Doñana 21 están marcados desde sus inicios, por lo que año tras año se  intentan introducir nuevas variables para así conseguir el mayor alto grado de consecución de los mismos. Concretamente, en la nueva etapa que surge tras la inclusión en 2008 de los 14 ayuntamientos en el Patronato y los cambios en la dirección de la entidad, se pretende una mayor cercanía de las decisiones al ámbito local, con mayor participación ciudadana basada principalmente en la interlocución con las corporaciones municipales de la comarca. Del mismo modo, la entrada Cinta Castillo, consejera andaluza de Medio Ambiente como presidenta de la fundación no ha hecho sino establecer una más efectiva coordinación y convergencia de objetivos en el territorio entre la Fundación Doñana 21 y esta administración de la Junta de Andalucía, principal órgano financiador y agente directo en el territorio.

Por tanto, los objetivos de la Fundación Doñana 21, como agencia dinamizadora de Planes de Desarrollo Sostenible, se pueden resumir en los siguientes puntos:

• Impulsar las actuaciones públicas o privadas beneficiosas para Doñana y su entorno.
• Promover la participación de los agentes económicos y sociales en las estrategias de desarrollo del lugar.
• Facilitar la coordinación entre las administraciones públicas que ejecutan el Plan de Desarrollo Sostenible.
• Colaborar en el seguimiento del Plan e impulsar su más correcta aplicación actuando como interlocutor con las administraciones públicas y con la UE.

Realizar tareas de sensibilización, difusión y divulgación de las peculiaridades de entorno, llevando a cabo intercambio de experiencias sobre desarrollo sostenible.