Los retos a los que se enfrenta la Fundación Doñana 21 tienen que ver fundamentalmente con la vertebración territorial de la Comarca de Doñana, impulsando acuerdos institucionales y sociales que determinen un marco propicio para consolidar el modelo de desarrollo sostenible.

Las dos principales finalidades de esta fundación del sector público andaluz se orientan a promover:
- Las actuaciones públicas y privadas para el desarrollo socioeconómico de la Comarca de Doñana.
- La participación social para lograr la cohesión territorial, el desarrollo y la conservación de Doñana.
Los principales objetivos de la Fundación Doñana 21 son:
- Impulsar las iniciativas y actuaciones públicas o privadas beneficiosas para Doñana y su comarca.
- Promover la participación de los agentes económicos y sociales en las estrategias de desarrollo sostenible de la Comarca de Doñana.
- Colaborar en el seguimiento del Plan de Desarrollo Sostenible de Doñana impulsando su correcta aplicación e implementación.
- Realizar tareas de sensibilización, difusión y divulgación del patrimonio natural y cultural de su ámbito territorial